Каждый аккаунт — отдельная сессия браузера (отдельный номер WA). Для отправки указывайте account_id.
Пример отправки (подставьте свой account_id):
curl -X POST http://localhost:3000/api/send \
-H "Content-Type: application/json" \
-d '{"account_id":1,"phone":"79991234567","message":"Здравствуйте!"}'
Если задан WHATSAPP_API_KEY, к POST /api/send добавьте заголовок X-API-Key.